从以上比较中可以看出，闽台两地港口体制明显不同：

一是台湾港口在职能事权上高度集中，体制上由交通主管部门垂直管理，涉及港政、航政的业务权限全部由省一级层面管理，确定了港口为全岛服务。相应的，也基本确定了港口腹地划分和各大港口之间的分工合作关系，最大限度地保证省一级的总体利益格局，避免了各港之间的无序开发和竞争。而福建涉及港口职能事权相对分散，目前，除湄洲湾港为省级管理外，其他各港都是由设区市政府为主管理，这有利于充分调动各地政府建设港口、带动地方经济发展的积极性，有利于协调解决港口在发展中用海、用地征迁遇到的问题。但是，这并不能更好地发挥港口整体优势，也不利于省一级统筹规划、合理布局、集中配置，容易导致各港结构、功能雷同、互相竞争，难以形成在全国乃至国际上有影响力的大港。

二是台湾港口管理机构职能面较广，把涉及港口的所有职能归并在一个港口机构主体内，便于互相配合、支撑，形成合力，集中行政资源，推动港口发展。而福建港口管理机构职能面较窄，海事、救助、港区水面监控等事权均不涉及，船舶检验、登记注册和船员管理也不涉及。这使得福建港口机构职能不全，对港口协调、发展、监管、运营的支撑力度明显不足。

三是台湾港口规划建设的港区较为集中，形成整体、连片、规模化，体现了港口规划的合理和科学，便于港口支持系统的配置和功能发挥。福建港口正相反，从北到南设置7个港、23个港区、60多个作业区，除了虎扑篮球：港在虎扑篮球：湾内、湄洲湾港在湄洲湾内港区较为集中外，其他每个港的港区都较为分散，不容易形成集中的物流中心，且港口的支持系统均要分别设置，造成支持系统不配套，难以形成合力，浪费也大。

四是台湾港口机构（港务局）承担港口生产、装卸以及船舶服务业、港口服务业职能，包括装卸、船代、货代、港口代理、港口供应等一系列企业生产内容。而福建港口机构所属的主要港口已实现政企分开。随着现代社会投资多元化、经营多元化及物流业兴起，台湾港务局这种模式不利于大的港口投资者前来港口投资。台湾交通主管表示，2011年四大“国际商港”实行公司化，将港口生产、经营与港口行政管理、公共基础设施建设维护、航运监管等进行分离。

通过对闽台两地港口体制的比较分析，笔者认为，福建港口整合是海峡西岸经济区依托港口资源优势，加快临港经济发展的现实和必然选择。当前，全国各大港口及其所带动的临港经济高速发展的现状表明，港口竞争不仅是港口城市之间的竞争，而且已经成为各省之间依托大港口而进行的竞争。沿海省份的港口整合，无不围绕着做大做强大港口而进行。福建的港口，如果仍然停留在目前这种沿海各市之间以港口为依托相互竞争，特别是近邻城市之间以港口为依托的竞争，势必在腹地划分、结构、港口功能、物流枢纽等方面形成隐性的内耗，这种港口发展和竞争方式是低层次的。港口越小越分散，越不容易带动发展，并很可能逐步弱化为海峡东岸台湾大港口或邻省大港口的支线、喂给港。因此，必须下大决心从大局着眼，加快港口发展方式转变，依托三大港口布局规划全省的港口发展，加快福建港口体制整合，推进海峡西岸经济区建设。

港口发展要增加集中度，港区不能分散。港口是陆路物流、人流与海运相互转换的平台，是外贸运输的主要节点。港口的性质决定它是一个点，而不是面，更不是分散的线，它不能到处布局，一般应比较集中地设置在集疏运体系较合适的港湾的核心区，且不应该太分散，要集中规划，从全省角度整体布局，港口不能太多。从海峡西岸港口服务中西部的经济发展出发，集装箱干线港仅能布局两个，其他应布局为支线港，大型散货中转港也不宜太多。总之，港口不应设置太多，否则分散了物流，难以形成港口的转换枢纽节点。

要妥善把握开放口岸和港口集中的关系。海港的口岸对港口的发展十分重要，外贸开放口岸设置太多，可能导致港口不集中，造成口岸货检通关、旅检的资源配置分散，反而到处通关不方便。一般而言，就像空港口岸随机场而设置，海港口岸一般随着港口而设置，而不是随行政区划设置。