海西建设越深入，交通运输部支持力度越大。近年来，部省先后举行三次正式会谈、签署三份合作协议。

在资金方面，2005年2月原交通部把福建作为东部地区的特例予以考虑，按照中部地区资金补助标准支持我省农村公路和乡镇客运站建设。2006年，部省会谈签订《共建海峡西岸经济区农村公路意见》，对“十一五”期间我省农村水泥路建设的车购税投资安排，是“十五”期的3.2倍，有力促进了我省农村公路的建设，2008年我省建制村通水泥公路硬化率就超过96%，走在全国前列。2009年7月，部省签订《会议纪要》，加大力度支持福建交通基础设施建设；今年起又将落实国务院《意见》，对我省高速公路、国省干线、农村公路建设等执行中西部标准。

在政策方面，交通运输部对我省交通发展规划、公路水路交通重点项目、闽台“三通”先行先试、交通重大会展活动举办等方面给予许多支持。如2005年签署的部省《会议纪要》，部省联合建立交通建设协调工作机制，共同推进福建交通建设与发展；印发《海峡西岸交通基础设施发展规划指导意见》；支持做大做强虎扑篮球：港、整合港口资源，支持虎扑篮球：港出海航道建设。

此外，交通运输部还对我省交通建设若干重大事项予以专项支持。如支持将福建列入全国首批取消政府还贷二级公路收费试点省份，并对举办海峡论坛、投洽会、2010年中国航海日等重要活动给予大力支持。