2009年2月3日，俄总统梅德韦杰夫在与到访莫斯科的吉总统巴基耶夫举行会晤后宣布，俄方将向吉方提供总额20亿美元的贷款以及额度为1.5亿美元的无偿援助。巴基耶夫则在随后宣布，吉政府已决定关闭玛纳斯美军基地。此消息一出，立即引发了美国的强烈抗议。

2009年6月23日，在经过了4个月的磋商以后，吉政府改口称，同意美军继续使用该基地。俄罗斯方面则对吉政府的“出尔反尔”感到十分愤怒，俄吉关系急转直下。吉骚乱发生以后，吉总理乌谢诺夫7日表示，吉反对派领导人之一萨里耶夫曾承认说，在决定实施街头抗议之前他们已经取得了俄总理普京的支持。7日当天，普京在回答记者提问时严词否认了乌谢诺夫的指责。就在同时，美国国务院发言人克劳利表示，美国政府与巴基耶夫有着紧密的合作关系，美国在吉军事基地依然运转正常。然而，此后不久，吉反对派领导人、前外长奥通巴耶娃就宣布，巴基耶夫目前已逃离首都比什凯克，吉反对派已成立临时政府全面接管国家事务。